Le allergie riguardano il sistema immunitario. La sua principale funzione è quella di combattere gli agenti estreanei che entrano nel nostro corpo. Il sistema immunitario è composto in particolare dai glubuli bianchi o leucociti. La pelle e le mucose fungono da barriere contro gli agenti esterni, ma a seguito di una lacerazione germi ed agenti estrani possono introdursi nel nostro organismo. A livello del midollo ossero vengono prodotti delle particelle per aiutare ad eliminare questi "intrusi": sono gli anticorpi, che si legano all'agente patogeno per permettere di riconoscerlo come esterno e facilitare l'eliminazione.
Per la maggior parte delle volte il sistema immunitario funziona efficacemente. Il corporiconosce le cellule che ne fanno parte e quelle estranee, quelle minacciose (esempio virus e batteri) e quelle innoque (esempio cibo e pollini). Tuttavia, il sistema immunitario può identificare un cibo come germe, quindi come agente minaccioso, e produrre antibiotici, nello specifico l'immuglobina E, o IgE. Un alimento che causa lo scatenarsi del sistema immunitario viene definito allergene. Esso stimola la produzione di IgE che attiva il rilascio di istamina ed altri ormoni contro l'agente estraneo innoquo.
Quando il corpo è esposto ad un allegerne, l'IgE attacca ciò che percepisce come una agente estreneo minaccioso e rilascia agenti chimici che formano l' attacco. Il più conosciuto agente chimico, che è responsabile della maggior parte dei sintomi di un'allergia, è l'istamina. Infatti molti farmaci per curare le allergie vengono chiamati antistamici, in quanto hanno lo scopo di ridurre l'effetto di questa sostanza chimica. L'istamina porta i tessuti a gonfiarsi e può causare i tipici sintomi allergici come rinite, vomito, orticaria...
Un'allergia è una specifica risposta del sistema immunitario. Non riguarda tutte quelle svariate reazioni che una persona può avere dopo aver ingerito un determinato cibo. Tutto ciò che non attiva l'IgE viene definita intolleranza alimentare. Intolleranza alimentari spesso riguardano l'apparato digerente, non il sistema immunitario. E' importante capire la distinzione tra allergie ed intolleranze alimentari, che però non bisogna comunque sottvalutare perchè alcune intolleranze possono essere più gravi di alcune allergie.